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鑑於國際貿易上常有動物於運輸途中須經其他國家機場過境或轉口，有檢疫實務需求，行政院農委會依動物傳染病防治條例第三十九條規定，擬具「動物過境或轉口檢疫作業辦法」草案，以訂定相關作業辦法加以依循，其中包括過境、轉口之申請程序及須緊急停靠我國港、站之處理方式，以及規範動物過境或轉口作業應符合事項，全文計八條。

草案總說明指出，由於轉口動物自原運輸工具卸離起岸，為防止動物傳染病散播風險，及降低傳染病入侵機率，參照動物及動物產品輸入檢疫條件，來自該疫區之感受性動物、象類動物、刺蝟、單蹄類動物、禽鳥類動物、狐蒙、蝙蝠類動物及其他經中央主管機關禁止轉口之動物禁止於我國港、站轉口，擬於第三條中訂定運輸具有下列情形之一之動物，禁止轉口：

一、來自口蹄疫、牛接觸傳染性胸膜肺炎及非洲豬瘟疫區之感受性動物。

二、來自口蹄疫疫區之象類動物及刺蝟。

三、來自馬鼻疽疫區之單蹄類動物。

四、來自高病原性家禽流行性感冒疫區之禽鳥類動物及狐蒙。

五、蝙蝠類動物。

六、其他經中央主管機關禁止轉口之動物。

第四條則規定，申請人或其代理人應於動物過境或轉口七日前填具申請書，向港、站所在地之輸出入動物檢疫機關申請同意文件。前項申請書應記載下列資料：一、動物品種、數量及性別。二、來源國、起運地及目的地。三、到達航（船）班及日期、離境航（船）班及日期。四、申請人或其代理人及其聯絡方式。載運動物之運輸工具發生緊急情況或其他不可抗力因素，須停靠我國港、站時，申請人或其代理人應於運輸工具抵達時，向輸出入動物檢疫機關申請檢疫。

前項之動物不受前條限制，輸出入動物檢疫機關得按疫病風險程度，為下列處置：一、依國際動物檢疫規範，採取安全性檢疫措施。二、動物疑患或罹患前條第一款至第四款所列動物傳染病時，應於二十四小時內運離；屆期未運離，動物逕予撲殺銷燬。輸出入動物檢疫機關執行前項處置之費用，由申請人或其代理人負擔。

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